本年度税制改正で、公益法人改革３法の施行に対応して、公益法人税制が大きく変わりました。 今回は法人税を中心に説明します。
１ 税法上の公益法人とは
（１） 税法上の公益法人等の範囲
税法上の公益法人等の範囲が次のように変わります。 「社団法人」等が消え、「公益社団法人等」が加わっています。 また、法人税では、「非営利型法人」という新しい法人類型が設定されています。
（２） 非営利型法人とは
非営利型法人とは、（１）公益社団法人および公益財団法人以外の、 （２）一般社団法人または一般財団法人で、（３）次のいずれかに該当する法人をいいます（法法２条）。
- 剰余金及び残余財産の分配を行わない旨の定款の定めがある等一定の法人
- 会員共通の利益を図ることを目的とする法人で所定の組織要件を備える法人
従って、これらに該当しない一般社団法人、一般財団法人は、 法人税法上は「普通法人」として扱われることとなりました。
なお、共益法人は、Ｂに限らずＡに該当するときも非営利型法人です。
（３） 従来の社団法人・財団法人は
従来の社団法人及び財団法人は、移行登記をするまでは、 「公共法人等」または「公益法人等」とみなして、所得税法または法人税法が適用されます。 「一般社団法人」や「公益社団法人」等とみなすのではない点にご注意ください。
２ 公益法人等課税
公益法人等については、法人税は、「収益事業課税」等がなされてきました。 これらが以下のように改正されました。これらの改正は、法人住民税等にも連動します。
（１） 公益目的事業の非課税
収益事業の範囲が見直されているほか（法令５条１項）、 「公益社団法人」又は「公益財団法人」が行う「公益目的事業」は 収益事業から除外することとなりました（同条２項）。課税対象外です。
この「公益目的事業」とは、認定法２条４号に規定する公益目的事業をいいます。 したがって、公益社団法人又は公益財団法人が行う公益目的事業については、 それがたとえ「収益事業」に該当する場合であっても課税されないことになります。
（２） みなし寄付金制度の拡充
これまで、公益法人等がその収益事業からそれ以外の事業のために支出した金額（繰出し金）は、 寄付金とみなされ、医療法人等以外の一般の公益法人等については、 所得金額の２０％までが損金に算入されました。
この損金算入限度額が次のいずれか多い方に改正されました（法令７３条１項３号等）。 ただし、これが適用されるのは「公益社団法人」及び「公益財団法人」だけです。
- 所得金額の５０％
- その公益目的事業のために支出した金額のうち、公益目的事業に使用し、 又は使用することが確実であると認められる金額
このＢは公益目的事業への繰出し金の全額損金算入であり、実質的課税除外です。
（３） 法人税率の引き上げ
公益法人等に対する法人税率は、一律２２％でしたが、次のように改正されました（法法６６条）。
- 法人税率適用上の「公益法人等」から「公益社団法人」及び「公益財団法人」並びに 非営利型法人である「一般社団法人」及び「一般財団法人」が除かれ、
- これらには普通法人並みの税率が適用されます。 したがって、所得金額８００万円を超える場合には、法人税率は３０％となります。
- ただし、特例民法法人は、Ａに該当せず、従来と同じく、 「公益法人等」の税率（一律２２％）が適用されます。
（４） 公益法人等に対する課税類型
以上、公益法人等に対する課税を類型的に整理すると次のようになります。
３ 公益法人等に対する寄付金の優遇税制
公益法人等の寄付金募集を促進する寄付者に対する優遇税制についてです。 法人税が次のように改正され、所得税の寄附金控除に関してもＡと同様の改正がされています。
- すべての「公益社団法人」及び「公益財団法人」が自動的に特定公益増進法人になるように改められ、
- その損金算入限度額基準のうち所得基準を所得金額の２．５％から同５％に引き上げ
４ その他の改正
（１）法人税等
法人税において収益事業課税から全所得課税に課税所得の範囲に変更があった場合の 規定の整備等が図られているほか、法人住民税においては「公益社団法人」 「公益財団法人」「一般社団法人」「一般財団法人」に対する均等割は最低税率とされました （地法５２条）。これは特例民法法人にも適用されます（地法附４１条等）。
また、消費税法等も所要の改正が図られています。
（２）所得税
受取り利子等の源泉所得税の非課税法人が「公益社団法人」と「公益財団法人」に限定され、 「一般社団法人」「一般財団法人」は源泉徴収を受けます。一般法人は、法人税法上も徴収された所得税の税額控除が受けられないので、原則として、課税になります。ただし、特例民法法人については、従来どおり非課税です。
（３）固定資産税・都市計画税等
民法法人が設置する特定の施設に対する固定資産税及び都市計画税の非課税は、 （１）「公益社団法人」「公益財団法人」に限り、 （２）「一般社団法人」「一般財団法人」が設置する施設は原則課税ですが、 （３）特例民法法人は「公益社団法人」又は「公益財団法人」とみなして（１）が適用され、 （４）「一般社団法人」「一般財団法人」に移行する際に非課税であった施設は 平成２５年度分までは非課税となります。
不動産取得税も同様です。
５ 実施時期
これらの改正は、原則として、平成２０年１２月１日からですが、 税目や改正項目により適用の仕方が異なりますのでご注意ください。
例えば、公益法人税制に関する法人税の改正は、原則として、 平成２０年１２月１日以後に開始する事業年度の所得に対する法人税から適用されますが、 繰出し金の損金算入（２（２）Ｂ）は平成２０年４月１日以後開始の事業年度分から、 公益法人等に対する法人住民税の均等割の最低税率適用（４（１））は平成２０年度以後の 年度分から適用されます（法令改正附則２条、地法改正附則４条４項）。
６ 税制上の公益法人のメリットとは
以上見てきたように、公益法人には、普通法人に比べ、大きな特典が与えられます。 しかし、公益法人はもともと営利を目的としていませんし、一般論です。
課税所得が小さい場合には、法人税上のメリットがあるとしても、大きいとはいえないかもしれません。 法人によっては、それよりも優遇税制による寄付募集の促進や固定資産税の優遇の方が より大きなメリットかもしれません。法人税率の引き上げもあります。 肝心なことは、それぞれの法人の実態に合わせて税制上のメリットを見極めることです。